Démêler la tapisserie de la biodiversité cambodgienne

L'équipe de recherche de l'Université de Liège en expédition commune avec l'Institut Pasteur du Cambodge

Au cœur de l'Asie du Sud-Est se trouve le Cambodge, un pays regorgeant de biodiversité qui a depuis longtemps captivé l'imagination des biologistes. Nichée au sein de cette riche tapisserie d'écosystèmes, une équipe de recherche de l'Université de Liège s’est lancé dans un voyage passionnant pour dévoiler les mystères du microbiome de la faune cambodgienne à l'interface homme-animal. Notre équipe à l'Université de Liège en Belgique, composée de la Dr Pauline van Leeuwen et du Prof. Johan Michaux, est à la tête de la composante microbiome du projet BCOMING. Nous visons à améliorer notre connaissance de l'influence de la biodiversité sur la structure des microbiomes et les risques zoonotiques.
Démêler la tapisserie de la biodiversité cambodgienne

La Dr Pauline van Leeuwen et l'étudiante vétérinaire Alix Nicolas ont entrepris une mission pour réaliser des évaluations exhaustives de la biodiversité en collectant des échantillons environnementaux qui offriront un aperçu du monde caché prospérant au sein des habitats du pays. Ces échantillons permettront d'éclairer les relations complexes entre différentes espèces et leur environnement. Cette session sur le terrain s'est déroulée en décembre 2023 en collaboration avec l'Institut Pasteur du Cambodge (IPC) dans la province de Stung Treng.

Au cœur de leur méthodologie de recherche se trouve l'utilisation de l'ADN environnemental. Cette approche novatrice implique l'extraction du matériel génétique laissé par les organismes dans leur environnement, fournissant un moyen non intrusif et très sensible de détecter et d'identifier les espèces. En analysant l'ADN environnemental en collaboration avec des partenaires de Nature Metrics, l'équipe de recherche peut révéler une mine d'informations sur la biodiversité présente au Cambodge, y compris des espèces insaisissables et menacées qui peuvent être difficiles à observer directement. Dans ce cadre, l'équipe a collecté des échantillons de sol et de surface de feuilles lors d'une expédition commune avec l'Institut Pasteur du Cambodge (IPC). Pendant que l'équipe de l'IPC échantillonne des chauves-souris pour la surveillance des agents pathogènes, notre équipe de l'ULiège a mis en place différents 'pièges' d'ADN environnemental pour comparer différentes stratégies d'échantillonnage. Ils ont mis en place un système de pièges à poils non-invasifs, un système appâté permettant aux rongeurs et petits mammifères de traverser un tube et de laisser des poils derrière eux pour une analyse génétique. Les petits mammifères sont d'un intérêt particulier dans le projet BCOMING, et il est important de savoir quelles espèces sont en contact avec les humains, ainsi que les chauves-souris dans nos sites d'échantillonnage.

Le deuxième axe clé de la recherche de l'Université de Liège est de dénouer les intricacités du microbiome de la faune cambodgienne. Les microbes jouent un rôle crucial dans le maintien de la santé des écosystèmes, influençant tout, de la circulation des nutriments à l'équilibre global de l'environnement. Même à l'intérieur des hôtes, ils peuvent limiter l'expansion des agents pathogènes microbiens par la 'résistance à la colonisation'. À travers leurs travaux sur le terrain, l'équipe cherche à comprendre comment les communautés microbiennes interagissent avec la faune du Cambodge, contribuant à l'équilibre délicat de ces écosystèmes. Lors de la session sur le terrain de décembre 2023 avec l'IPC dans la province de Stung Treng, nous avons réussi à collecter de nombreux échantillons fécaux de chauves-souris qui seront utilisés pour étudier ces communautés microbiennes.

À travers le prisme de l'ADN environnemental et d'un engagement envers la collaboration, les efforts de l'équipe de l'ULiège contribuent non seulement à la connaissance scientifique, mais aussi aux efforts continus de sauvegarde des merveilles naturelles du Cambodge pour les générations futures.

Posted on
cambodia

Read more blog post

Metabarcoding de l'ADN environnemental et des méthodes traditionnelles d'inventaire

Les mammifères, composants vitaux des écosystèmes terrestres, font face à des déclins drastiques en raison des changements anthropogènes dans les paysages. Avec de nombreuses espèces isolées dans des zones protégées et confrontées à un statut de conservation extrême, il est de plus en plus nécessaire de disposer de méthodes rapides, rentables et non-invasives pour surveiller leurs populations. Au sein de BCOMING, il est important que nous utilisions les techniques les plus précises pour établir l'évaluation de la biodiversité, car elle est une composante essentielle de nos recherches sur la circulation des agents pathogènes. Notre équipe de l'Université de Liège en Belgique, composée de la Dr Pauline van Leeuwen et du Prof. Johan Michaux, s’est plongée dans la littérature scientifique à la recherche de méthodes non-invasives pour détecter les espèces de mammifères sur le terrain. Ils ont publié le premier article scientifique soutenu par le consortium BCOMING. Cette étude compare les méthodes d'inventaire conventionnelles et la technique émergente de metabarcoding de l'ADN environnemental (eADN) pour l'évaluation de la biodiversité des mammifères.

En savoir plus

Démêler la tapisserie de la biodiversité cambodgienne

Au cœur de l'Asie du Sud-Est se trouve le Cambodge, un pays regorgeant de biodiversité qui a depuis longtemps captivé l'imagination des biologistes. Nichée au sein de cette riche tapisserie d'écosystèmes, une équipe de recherche de l'Université de Liège s’est lancé dans un voyage passionnant pour dévoiler les mystères du microbiome de la faune cambodgienne à l'interface homme-animal. Notre équipe à l'Université de Liège en Belgique, composée de la Dr Pauline van Leeuwen et du Prof. Johan Michaux, est à la tête de la composante microbiome du projet BCOMING. Nous visons à améliorer notre connaissance de l'influence de la biodiversité sur la structure des microbiomes et les risques zoonotiques.
En savoir plus

Journal of BCOMING's Field Mission in Guinea: Part 3

Our journey to Samyankhouré led us to meet with the Prefect and his staff to finalize mission orders. Accompanied by the Deputy Director General of Agriculture and Livestock for Kindia, we greeted local authorities before settling into our campsite. The authorities expressed gratitude for our conservation efforts in their area.
En savoir plus