Comprendre le risque de maladie grâce à la biodiversité : Les travaux de l'IRD dans le cadre du projet BCOMING

Selon le professeur Gozlan, l'IRD dirige une équipe chargée de structurer les collections et d'organiser des efforts d'échantillonnage cohérents. Jusqu'à présent, leur travail sur le terrain a couvert des sites au Cambodge, en Côte d'Ivoire, en Guadeloupe et en Guinée. L'un des principaux objectifs est d'assurer une stratégie d'échantillonnage uniforme, afin de pouvoir comparer efficacement les données recueillies dans différentes régions. Cette stratégie comporte toutefois certains biais dus à la nature des méthodes d'échantillonnage, mais elle reste essentielle pour fournir des données comparables aux futurs efforts de modélisation. 

« Notre responsabilité était de veiller à ce que la stratégie d'échantillonnage soit cohérente dans toutes les régions. Nous avons structuré notre échantillonnage de manière à suivre un gradient de perturbations humaines- des zones urbaines aux habitats vierges, dans la mesure du possible, afin de garantir que les données puissent être utilisées pour la modélisation », a déclaré M. Gozlan.

L'un des aspects les plus importants de l'approche de l'IRD est la sélection de sites le long des gradients de perturbation humaine. Dans chaque région étudiée - Cambodge, Guinée, Côte d'Ivoire et Guadeloupe - l'équipe s'est efforcée de prélever des échantillons dans des environnements urbains, modérément perturbés et plus naturels ou vierges. Ces gradients permettent aux chercheurs de saisir tout le spectre de la biodiversité en relation avec les activités humaines. 

Au Cambodge, où l'IRD a concentré l'essentiel de ses efforts, l'équipe a échantillonné cinq régions différentes, couvrant des zones allant de centres urbains comme Phnom Penh à des environnements plus naturels comme Mondulkiri, dans le nord du pays. L'objectif ? Comprendre comment les schémas de biodiversité évoluent le long de ce gradient et comment ils sont liés à la propagation des parasites et au risque de maladie. 

« Au Cambodge, nous avons réalisé l'effort d'échantillonnage le plus important », explique M. Gozlan. "Nous avons couvert cinq régions, et dans chacune d'elles, nous avons cherché à capturer un éventail de diversité, des zones urbaines très perturbées aux systèmes naturels moins perturbés. Notre objectif ultime était de nous assurer que nous ne manquions aucun aspect de la biodiversité présente ».

Les données collectées par l'IRD ne servent pas seulement à échantillonner la biodiversité, elles constituent la base de la modélisation du risque de maladie dans différents écosystèmes. L'équipe de l'IRD travaille en étroite collaboration avec les partenaires de modélisation de BCOMING, notamment en Belgique, afin de s'assurer que les limitations ou les biais des données sont pris en compte dans les modèles. Ces modèles visent à évaluer comment différents niveaux de biodiversité peuvent influencer la transmission de parasites et de maladies, en particulier dans les zones à forte interaction humaine. 

Gozlan a évoqué une hypothèse intéressante : les zones urbaines, dont la biodiversité est souvent inférieure à celle des habitats ruraux ou vierges, pourraient présenter un profil de risque différent en ce qui concerne la transmission des parasites. Cependant, le contact accru entre les hommes et les animaux dans les espaces urbains pourrait paradoxalement conduire à des risques plus élevés, malgré une biodiversité plus faible. 

« Nous voulons voir si les schémas de biodiversité peuvent influencer le risque de maladie », a déclaré M. Gozlan. « S'il y a moins de biodiversité dans les zones urbaines, il pourrait y avoir moins d'espèces pour héberger les parasites. Toutefois, les contacts plus fréquents entre les hommes et les animaux dans les villes pourraient en fait augmenter le risque. Il s'agit de trouver un équilibre.»

L'une des techniques les plus innovantes employées par l'IRD dans le cadre de BCOMING est l'utilisation de l'ADN environnemental (ADNe) pour étudier les espèces hôtes et parasites. En prélevant des échantillons d'eau ou de sol, ils peuvent identifier les traces d'ADN laissées par les organismes, ce qui leur permet d'obtenir une image complète de la biodiversité présente dans une zone sans perturber la faune. Ils peuvent ainsi identifier les espèces hôtes des parasites ainsi que les parasites eux-mêmes. 

Le potentiel de l'ADN électronique va au-delà du simple catalogage de la biodiversité. Il permet aux chercheurs d'évaluer la santé des écosystèmes et de comprendre les interactions complexes entre les espèces, notamment en ce qui concerne les maladies. Au Cambodge, par exemple, l'échantillonnage de l'ADN électronique a révélé un large éventail d'interactions hôte-parasite, ce qui permet de comprendre comment les parasites peuvent se propager dans différents contextes environnementaux. 

Bien que l'IRD se concentre dans l'immédiat sur le Cambodge et quelques autres régions, son travail a des implications considérables. Pour la première fois, des régions comme le Cambodge, la Guinée et la Guadeloupe disposeront d'une évaluation complète de la diversité des parasites qu'elles hébergent, ce qui constituera une base de référence essentielle pour comprendre le risque de maladie dans ces zones. 

Ces recherches ne se limitent pas à un simple aperçu académique. Les gouvernements locaux et les parties prenantes pourront utiliser ces données pour mieux gérer la santé publique et la conservation de la biodiversité. Par exemple, la présence de zones tampons autour des zones urbaines, conçues pour préserver la biodiversité, pourrait également contribuer à atténuer les risques de maladie. 

« Le premier niveau d'impact est local », a souligné M. Gozlan. « Pour la première fois, des pays comme le Cambodge disposeront d'une évaluation cohérente, à l'échelle nationale, du risque de maladie lié aux parasites. Cela les aidera à mieux gérer la biodiversité et les risques sanitaires à l'avenir. » 

À plus grande échelle, les résultats des travaux de l'IRD seront rendus publics, créant ainsi une base de données de séquences de parasites accessible aux scientifiques et aux responsables de la santé publique du monde entier. Cela permettra à d'autres régions de comparer leur propre biodiversité et les risques de maladie avec ceux découverts par BCOMING, faisant ainsi progresser la compréhension globale des liens entre la biodiversité, la santé humaine et l'émergence des maladies. 

L'un des résultats les plus intéressants de cette recherche est la possibilité d'utiliser l'ADN électronique comme outil régulier de surveillance des maladies. Tout comme les villes surveillent aujourd'hui la qualité de l'eau, elles pourraient bientôt surveiller les charges parasitaires et d'autres indicateurs de risques pour la santé publique grâce à l'échantillonnage de l'ADN électronique. Cette méthode s'est déjà avérée efficace pour détecter des épidémies virales, telles que COVID-19, où la surveillance des eaux usées a permis d'alerter rapidement sur les poussées d'infection. 

« Nous testons la possibilité d'intégrer l'ADN électronique dans les systèmes de surveillance habituels », explique M. Gozlan. « En cas de succès, il pourrait devenir un outil essentiel pour les décideurs politiques afin de surveiller et de prévoir les risques de maladie, non seulement dans les régions que nous étudions, mais aussi dans le monde entier. »

Alors que BCOMING se poursuit, le travail de l'IRD au Cambodge et dans d'autres régions contribue à façonner notre compréhension de la manière dont la biodiversité interagit avec le risque de maladie - et comment nous pouvons exploiter ces connaissances pour protéger à la fois les populations humaines et le monde naturel.