Explorer la Guadeloupe : La dernière mission du BCOMING sur la diversité aquatique

De la jungle aux champs, un aperçu de l'impact anthropique sur la vie aquatique et la transmission des maladies

Notre équipe, composée du Dr. Marine Combe, du Dr. Claudia Bommarito et du Prof. Rudy E. Gozlan de l'Institut National de Recherche pour le Développement Durable de Montpellier (France), vient de rentrer d'une mission en Guadeloupe pour le projet BCOMING, qui s'est déroulée entre le 22 et le 28 octobre. 
Explorer la Guadeloupe : La dernière mission du BCOMING sur la diversité aquatique

La mission a été un succès, grâce à l'aide de notre technicienne, Mlle Chloé Lefebvre, qui a géré la logistique du voyage, ainsi qu'à l'excellent accueil et à l'aide que nous avons reçus de nos partenaires en Guadeloupe : notre collègue Dr. Sylvie Lecollinet (CIRAD et partenaire de BCOMOING), dont l'appui scientifique a été déterminant dans la sélection des sites d'échantillonnage et qui nous a également aidés sur le plan pratique pour l'échantillonnage et le travail de laboratoire, et les collègues de l'Institut Pasteur, tels que le Dr. Séverine Ferdinand, qui a partagé son expertise sur les macroparasites et nous a aidés pour les dissections en laboratoire. 

 

Fig. 1 L'équipe BCOMING de l'Institut de recherche pour le développement (IRD) composée du Dr Marine Combe, du Dr Claudia Bommarito et du Prof. Rudy E. Gozlan, ainsi que notre hôte, le Dr Sylvie Lecollinet (CIRAD et partenaire de BCOMING). 

  

L'échantillonnage a été réalisé sur dix sites au total, cinq dans des zones affectées par des activités anthropogéniques telles que l'agriculture ("dégradées") et cinq dans des zones de forêt intacte ("non dégradées"). Les sites aquatiques étaient principalement des ruisseaux et des petites rivières dans l'ouest de l'île et ont été choisis sur la base d'une sélection antérieure de sites terrestres du projet INSULA, auquel Sylvie Lecollinet a participé. Les données des deux projets seront alignées et comparées. 

Sur chaque site, des échantillons d'ADN électronique aquatique ont été prélevés à l'aide de kits de Spygen pour l'analyse de la diversité des trématodes et des escargots, et de NatureMetrics pour l'analyse de la diversité des espèces de poissons et de microbiomes. En outre, des escargots d'eau douce ont été collectés sur chaque site, lorsqu'ils étaient disponibles, puis disséqués au stéréomicroscope en laboratoire pour vérifier la présence de trématodes. Sur chaque site, les paramètres environnementaux (température, salinité, oxygène et pH) ont été mesurés en cinq points aléatoires à l'aide d'une sonde multimètre (WTW 3630). 

 

Fig. 2 Carte des sites d'échantillonnage en Guadeloupe. Les sites non dégradés apparaissent en vert, les sites dégradés en jaune. 

 

Fig. 3 Pendant l'échantillonnage. 

 

Au laboratoire, les escargots ont été disséqués et la présence de trématodes a été enregistrée. Outre la présence de trématodes, nous avons également vérifié la présence du nématode Angyostrongylus sp., qui provoque une méningite chez l'homme. Cependant, tous les échantillons disséqués ont été testés négatifs pour le nématode. À la fin de l'échantillonnage, les échantillons d'ADN électronique ont été transportés à Montpellier et expédiés à Spygen et NatureMetrics, qui se chargeront de l'extraction et de l'analyse de l'ADN. Nous sommes impatients de voir les résultats ! 

 

Fig. 4 Au laboratoire, lors de la dissection des escargots pour vérifier la présence de trématodes. 

 

Nous sommes très satisfaits de cette mission, que nous considérons comme un nouveau succès après celle du Cambodge. Nous avons eu la chance d'éviter l'ouragan et d'explorer de nombreuses zones de Guadalupe pour l'échantillonnage, de la jungle aux champs d'ananas et de bananes, et nous nous sommes sentis très bien accueillis par nos collègues et la population locale. Nous espérons que nos résultats contribueront à une meilleure compréhension des effets des activités anthropogéniques sur la biodiversité aquatique de cette belle île, et aideront à prévenir la transmission de maladies aux animaux et aux humains. 

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Campagnes d'échantillonnage en Côte d'Ivoire, au Cambodge et en Guadeloupe (partie aquatique)

Dans le cadre du projet BCOMING, une série d'échantillonnages aquatiques (eau douce) a été réalisée en Côte d'Ivoire (mai 2023), au Cambodge (juillet 2023) et en Guadeloupe (octobre 2023) afin d'identifier les patrons de biodiversité des communautés aquatiques et leurs parasites dans les zones tropicales le long d'un gradient d'urbanisation, dans le but i) d'identifier les moteurs d'émergence des maladies et ii) de prévenir les risques de maladies. Notre équipe est composée du Dr. Marine Combe (CR, IRD), du Dr. Claudia Bommarito (PostDoc, IRD), du Prof. Rudy E. Gozlan (DR, IRD) et de Mme Chloé Lefebvre (Technicienne, IRD) de l'Institut National de Recherche pour le Développement Durable (IRD) et de l'Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (ISEM), France. En tant qu'équipe responsable de l'échantillonnage aquatique, il était passionnant de finaliser ensemble les derniers détails de l'échantillonnage, de préparer et d'expédier le matériel, et enfin de voir les campagnes de terrain se dérouler. 

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